En la planta segunda del edificio se disponen una serie de dependencias donde se dirige, gestiona y desarrolla las labores cotidianas propias de la Hermandad. Desde el vestíbulo de acceso a dicha planta se accede a la izquierda al despacho del Hermano Mayor, comunicado con una Sala de Permanente y de Comisiones. A la derecha y comunicados por un pasillo se encuentran los despachos de Secretaría, Tesorería y Archivo Histórico así como, el Área de Albacería donde se dispone el vestuario de procesión. Cuenta además con un pequeño taller para las reparaciones de enseres y similares. Dicha planta presenta en su fachada, un largo balcón cubierto, desde donde se contempla la Alcazaba, el Teatro Romano y el Museo Provincial de Bellas Artes.